为了便于枸杞修剪，宁夏枸杞研究所总结了剪顶、截底、清膛、修围4个步骤的修剪顺序：

第一剪顶

植株经过一年的生长，树冠顶部又新生出很多秆长枝和中间枝，增高了树冠，破坏了原来成形的树形。为了方便管理维护原树冠及其高度，需要通过剪顶来控制树体高度。还要防止树冠上顶部秃，在不影响已成形树体高度的原则下，选留着生在树冠中央2～3条中间枝，在10厘米～20厘米处短截，以利发侧枝，补充冠顶。注意不要留边顶以防侧枝负荷过重，形成侧枝下瘫;

第二截底

为便于园地的土壤管理，不使树冠下部的下垂枝上结的果实与地面接触，造成霉烂损失，对树冠基层的着地枝，距地面高30厘米左右短截;

第三清膛

疏剪树体内部枝条，以保持冠层良好的通风透光条件，促进果实的良好发育。主要是剪除树膛里的串条，以及不结果或结果很少的老弱枝条，保留朝一个方向生长的顺条(新枝)，使其继续结果;

第四修围

就是对树冠结果枝层的修剪主要是选留良好的结果枝，剪除非生产性的枝条。

具体到单株就是剪除树冠结果层内的老枝、针刺枝、细弱枝、病虫枝。修剪时要看枝层新果枝的多少，决定老枝的取舍。新枝多，老枝就多剪;新枝少，老枝要剪除一部分，交错短剪一部分，促使萌发新枝。为了傲到不漏剪，就从上到下围绕树冠顺一定方向修剪。修剪后的树冠结果层要达到枝条多而不密，果层枝枝见光。树冠里外透风，上下结果正常。